Ponieważ wirusy są tak małe, niektóre mniejsze niż 0,03 mikrona, większość oczyszczaczy powietrza nie może ich skutecznie wychwycić.
Systemy oczyszczania powietrza, które wykorzystują kombinację filtrów HEPA, światła ultrafioletowego i filtrów elektrostatycznych, mogą osiągnąć najlepsze wyniki, ponieważ żaden z nich sam nie może zagwarantować pełnego usuwania i eliminacji wirusów ze strumienia powietrza. Badania EPA wykazały, że skuteczność jednostek hybrydowych może być ograniczona, jeśli przepływ powietrza nie jest odpowiednio skonfigurowany, co może powodować wzrost oporu powietrza i pozwolić na obejście mechanizmów czyszczących. Filtry HEPA są stosowane w zastosowaniach biomedycznych od lat 40. XX wieku, aby zapobiec rozprzestrzenianiu się bakterii i organizmów wirusowych w powietrzu. Szczegółowe wymagania dla różnych rodzajów klasyfikacji HEPA obejmują jakość pomieszczeń czystych, absolutne filtry HEPA i dokładne filtry HEPA. Prawdziwe filtry HEPA, aby były sprawne, umożliwiają penetrację filtra nie więcej niż 3 cząsteczkom zanieczyszczeń na 10 000. Jednak nawet najlepszy filtr HEPA nie zabije wirusów i może stracić swoją skuteczność w zatrzymywaniu wirusów w miarę gromadzenia się cząstek stałych i zwiększania odporności na przepływ powietrza.
Pracownicy służby zdrowia wykorzystują również światło ultrafioletowe do neutralizacji drobnoustrojów w powietrzu, takich jak zarazki, bakterie lub wirusy, chociaż niektóre zarodniki pleśni i bakterii są odporne na promieniowanie UV. Najskuteczniejsze konstrukcje oczyszczaczy powietrza kierują lampę UV na filtr HEPA, więc cząsteczki uwięzione przez filtr F9 są naświetlane przez lampę UV przez wystarczający okres czasu, aby zniszczyć wirusy. Przy wielu dostępnych na rynku filtrach imitujących standard HEPA należy pamiętać o ważnych czynnikach, aby upewnić się, że zakupiony filtr jest prawdziwy. W tym miejscu często występują wady w oczyszczaczach powietrza sprzedawanych jako „w stylu HEPA”. Wymaga to bardziej precyzyjnej produkcji, aby stworzyć skuteczny, szczelny filtr, a tanie oczyszczacze powietrza i systemy wentylacyjne nie zawsze są odpowiednie.